Margit hercegnő gyakran előre megjósolta az eljövendő eseményeket, így halála óráját is. A margitszigeti (akkor Nyulak szigete) kolostorban temették el. Már szentség hírében állt és a sírjánál bekövetkező csodás gyógyulások és ima-meghallgatások megerősítették ezt a meggyőződést. Bátyja, V. István király már Margit halála évében kérte szentté avatását X. Gergely pápától. A szentté avatási eljárás során Magyarországra látogató Pápai Bizottság az elkészült jegyzőkönyveket 1275-ben küldte el a Szentszéknek. Ezekben a dokumentumokban már boldognak nyilvánították a királylányt, de a kanonizációjára csak a szentté avatásakor kerül majd sor. A domonkos szerzetes, V. Ince pápa a vizsgálatokat 1276-ban újraindította, ennek köszönhetjük az első Margit életrajz megszületését.
A XIV. században a domonkos generális kérésére született meg Margit legendája, 1409-ben pedig a pápai követ búcsút engedélyezett a Margit sírjához látogatóknak. Fontos eleme ennek a döntésnek, hogy az oklevél már „boldognak” nevezi a királylányt.
Bár magyar királyok sora (IV. László, Károly Róbert, Mátyás, II. Ferdinánd, I. Lipót) és a domonkos rend több ízben sürgette az eljárást, a boldoggá avatási folyamat végül nem zárult le.
A török háborúk alatt Margit ereklyéi a Margit-szigetről Nagyszombatra, majd Pozsonyba kerültek, itt tisztelete újraéledt, közbenjárására betegek gyógyultak meg. 1713-ban pestis dúlt Pozsonyban és környékén, a hívek kérésére körbe hordozták Margit ereklyéit a városban, és a járvány hamarosan megszűnt.
„Kalapos” II. József „felvilágosult” uralkodása alatt az ereklyetartót beolvasztották, a csontokat részben elégették. Szerencsére a megmaradt ereklyék egy része Batthyány Ignác erdélyi püspök birtokába került, aki misemondási és zsolozsmázási engedélyt kért, amit 1804-ben engedélyezett VI. Piusz pápa, hogy a hívek Margit ünnepét Erdély területén megünnepelhessék. Ezt tekinthetjük a hivatalos és nyilvános Boldog Margit tisztelet kezdetének.
